Histoire et sources de la peste de Marseille (1720-1722)

Dans une conférence, Rémi Barbieri, Ph.D à l’IHU éclaire sur l’histoire et ses sources de la peste de Marseille. Un travail conséquent, remarquable, appréciable, obligatoirement visualisable. Des recherches ont été ajoutées de la main de Marianne Solat, journaliste et spécialiste en histoire.

« On va parler aujourd’hui de l’histoire et des sources de la peste à Marseille, 1720-1722. La dernière grande épidémie. Vous avez ici une vue du port de Marseille en 1754 qu’on reconnaît bien. Donc tout d’abord quelques bases sur Yersinia pestis, sur la peste. Vous avez ici une liste de dates, ce n’est bien sûr pas exhaustif donc yersinia pestis tout d’abord est l’agent étiologique (étude des causes des maladies ; ces causes elles-mêmes) de la peste c’est une bactéries Gram négatives*de la famille des entérobactéries**.

En 1894, l’isolement de yersinia pestis s’est fait à Hong-Kong par le pasteurien Alexandre Yersin.  Sur la photo on observe le pasteur devant sa hutte, il n’y avait rien, il n’y avait même pas de fenêtre. En 1898, Paul Louis Simon en Inde à Karachi démontre le rôle du rat et des puces dans la vectorisation*** de la peste donc on sait maintenant que la peste est une zoonose**** et que l’homme n’est qu’un hôte accidentel. Ensuite si on fait un petit bon dans le temps on arrive en 2001 au séquençage complet du génome de Yersinia pestis, la souche CO92 qui est la souche de référence. Donc elle se compose d’un chromosome, de trois plasmides(5) qui contiennent à la majorité des gênes de virulence.

Et la taille est de 4.65 mégabase et ensuite en 2017, il y a une grande épidémie de peste à Madagascar qui a été très bien investiguée notamment par l’Institut Pasteur et on voit que le taux de létalité sous antibiothérapie est de 25% pour les formes pulmonaires et de 24%  pour les formes buboniques (bubon = tuméfaction d’un ganglion lymphatique). Donc on meurt encore de la peste, la peste c’est encore une maladie qui tue actuellement.

Donc il y a plusieurs formes de pestes. Je vous montre les trois principales, il y a des formes pharyngé-ménagé qui sont un petit peu plus rare qui résultent de contexte de contaminations orales mais en gros les trois principales formes de pestes, c’est la peste bubonique, caractérisé par les lymphadémopathie, les bubons. Le taux de létalité sans traitement est de 60%.

On a ensuite la peste septicémique qui se caractérise principalement par des nécroses avec un taux de létalité de 80 à 100% sans traitement et la peste pulmonaire qui se caractérise principalement par des toux, des productions d’expectoration sanglantes avec un taux de létalité de 80-100% aussi sans traitement.

Alors ces pestes-là sont évolutives. On peut avoir une peste bubonique, qui se transforme en peste septicémique qui se transforme en peste pulmonaire. Et évidemment la peste bubonique dépend de la voie d’inoculation. Elle résulte d’une piqûre d’ectoparasite(6)  ou de l’introduction transcutanée(7) du bacille(8) et la peste pulmonaire bien sûr résulte de l’inhalation de gouttelettes infectées par aérosol. 

Donc quelles sont les sources et les vecteurs de la peste zoonotique, parce que c’est avant-tout une zoonose.

Donc tout d’abord le sol, constitue le réservoir premier de yersinia pestis c’est ce que l’on voit aux Etats-Unis quand il y a des épidémies de peste ils tuent tous les rongeurs mais ensuite la peste ré émerge parce qu’elle est dans le sol.

Ensuite les amibes et les plantes peuvent servir de réservoir temporaire de la peste. On a plus de 200 mammifères qui peuvent s’infecter être infectés par Yersinia pestis donc vous voyez ce sont surtout des rongeurs donc ca va être des mammifères qui vont creuser dans le sol et qui vont s’infecter à partir du sol justement.

Et ensuite on a plus de 47 espèces de puces qui peuvent vectoriser la peste entre ces mammifères là.

Comment l’homme s’infecte à partir des sources environnementales ? Tout d’abord par les aérosol donc on manipulant des carcasses d’animaux décédés. Ensuite par des contaminations orales c’est ce que l’on voit au Maghreb ou en Asie des gens qui vont consommer de la viande de marmotte crue. Une marmotte qui a été infectée par la peste ou de la viande de dromadaire crue ou mal cuite. Ensuite par contact transcutané, ou alors ces puces sauvages de mammifères qui vont aller  piquer les hommes.

Ensuite la transmission interhumaine c’est très simple, si vous avez des formes majoritaires pulmonaires c’est les aérosols, et ensuite si vous avez une forme bubonique majoritaire et bien ce sont les ectoparasites humains, le poux de corps ou la puce de l’homme puis ( ?).

La peste justinien et la première pandémie 541/750-767 donc historiquement on a l’habitude de diviser l’histoire de la peste en trois pandémies historiques donc qui nous sont connues par les sources historiques mais aussi par les microbiologiques, les génomes ont été séquencés. Donc la première c’est la peste de justinien de 541 à 750-767.

Photo peste jutinien

C’est pas très clair, donc il y a des confirmations paléomicrobiologiques(9) donc on voit qu’il y a une grande diversité des souches qui peut induire une grande diversité des réservoirs.

Les lignages sont éteints. L’origine de cette peste est inconnue néanmoins il y a quelques hypothèses, celle d’une introduction via l’Inde, via les premières routes commerciales qui atteindentla péninsule arabique et ensuite qui vont à Constantinople. Car cette peste s’appelle la peste de Justinien, d’après l’empereur romain d’Orient, Justinien (lien https://fr.wikipedia.org/wiki/Justinien) ici.

Et ou alors une deuxième hypothèse si l’on en croit Procope de Césarée qui dit que la peste est arrivée d’Ethiopie et qu’elle a été ramenée par les troupes romaines jusqu’à Constantinople. Ensuite la peste va atteindre tout le bassin méditerranéen c’est même une peste continentale puisqu’on va retrouver yersinia pestis jusqu’en Angleterre et jusqu’au nord de l’Allemagne. Les effets démographiques, économiques et sociaux sont encore extrêmement débattus.

Ensuite on a la seconde pandémie, peut-être la plus, avec l’épisode de la peste noire de 1346 à 1353 donc quand ça commence, ça commence à Caffa qui est un comptoir génois sur la mer noire.(lien https://fr.wikipedia.org/wiki/Th%C3%A9odosie)

Les mongols vont faire le siège de la ville de Caffa, ils n’arrivent pas à rentrer dans la ville. Une épidémie de peste commence à ravager les rangs de l’armée mongols, ils meurent de peste et c’est peut-être le cas le plus ancien de guerre, bactériologique qu’on connaisse. Les Mongols vont prendre les pestiférés, ils vont les mettre dans des catapultes, ils vont les catapulter à l’intérieur de la ville de Caffa. Ca marche, la peste se répand à Caffa, les génois fuient et la peste va se répandre dans toute l’Europe. Ensuite elle va devenir endémique jusqu’au 18-19ème siècle. Il ne va aps y avoir une année où la peste ne va pas sévir dans une région ou une ville en Europe depuis ce temps-là.

Pour l’épisode de la peste noire on estime que cela a fait 30 millions de victimes. Sinon ces grandes épidémies de peste on estime qu’elles ont décimé entre 25 et 50% de la population européenne.

Il y a 56 génomes qui ont été séquencés donc pour le 14ème siècle, on a une très faible diversité des souches qui incluent une seule introduction à partir de ce réservoir au Nord-Est de l’Europe et ensuite il y a des hypothèses alternatives : celle de multiple introductions par vagues successives. A partir de foyer préexistants en Asie et ces introductions se seraient répandues le long des routes de la soie conduites par des dromadaires dont on sait qu’ils sont très sensibles à la peste, des chameaux aussi et ensuite via les routes de la fourrure (https://fr.wikipedia.org/wiki/Traite_des_fourrures : les autochtones et les marchands français font affaire. Des missionnaires étaient venus de France  pour évangéliser les Autochtones. )

Et ensuite on a la troisième pandémie qui commence en 1772 dans la province chinoise de Yunnan (https://fr.wikipedia.org/wiki/Yunnan = le yunnan est le premier producteurmondial de spiruline. La Chine est le premier producteur mondial avec 50% de la producteur en 2013 ; Le PIB de la province à une importante croissance, il passe de 400 milliards de yuans en 2006 à 1 200 milliards en 2013, et est de 1 486 milliards de yuans en 2016 ; éclosion d’un art de bronze jusqu’à l’art des steppes).

Ensuite elle va atteindre Hong-Kong en 1894, là où Yersin va l’isoler. (https://fr.wikipedia.org/wiki/Hong_Kong : huitième entité commerciale mondiale. En 2016, son économie est considérée comme la plus libérale du monde depuis 1995 selon la fondation américaine Heritage Foundation. En 2019, Hong Kong est la 3ème place financière au monde après New York et Londres. 150 ans de colonisation. Selon Jean-Luc Domenach, lors de la grande famine consécurtive au Grand Bond en avant de la politique de Mao Zedung, 140 000 à 200 000 personnes seraient entrées illégalement à Hong-Kong en 1961-1962. Hong Kong connaît àpartir  des années 1960 un essor économique. Celui-ci est d’abord fondé surtout sur le textile, puis, à partir des années 1970, la finance prend une place prépondérante. En 2003, l’épidémie du SRAS née en Chine fin 2002 et y fit 293 morts.)

Et via les moyens de communication modernes elles se répand dans le monde entier, via le bateau à vapeur ou alors le train. Vous avez ici une carte qui vous montre l’état de la peste du monde en 2018. Ce n’est pas du tout une maladie qui a disparu. Elle a seulement disparu d’Europe. Evidemment c’est une carte avec les données de l’OMS donc c’est plus une carte qui est politique qu’écologique.

Image carte OMS

Mais en tout cas les pays rapportant le plus de cas de peste ce sont le Congo, l’Ouganda, la Zambie, Madagascar, la Chine, la Tanzanie, les E-U où il y a beaucoup de cas et le Pérou.

Et en fait, toutes les connaissances dont je viens de parler, les rats, les puces, tout cela est dérivé en fait de connaissances de la troisième pandémie. C’est fait à partir de la troisième pandémie par tous ces grands chercheurs

– image carte Marseille

Yersin (https://fr.wikipedia.org/wiki/Alexandre_Yersin. Il est une des rares personnalités non vietnamiennes dont le nom ait été donné à une rue de Hô Chi Minh-Ville et au lycée français de Hano. Elevage d’animaux nécessaire pour prélever du sérum et soigner, il fournira la firme Michelin pour la première récolte du latex. ,  Ces différents essais rencontrent un succès mitigé et Yersin se tourne, en 1915, vers la plantation de Cinchonas pour produire la quinine qui permet de traiter le paludisme

Chloroquine : On considère généralement que les risques induits par la chloroquine et plus encore par l’hydroxychloroquine sont acceptables et faibles si la dose thérapeutique recommandée est respectée Ecotoxicologie – Ce médicament et ses métabolites sont retrouvés dans les fèces et les urines, et donc dans les égouts et stations d’épuration. Il ne semble pas y avoir eu d’études sur leurs effets dans l’environnement.)

 Simond, Mollaret qui va montrer le rôle du sol (isolement, désinsectisation, désinfection, dératisation, selon la provenance du sujet, et en la pratique des vaccinations obligatoires pour les voyageurs se rendant dans certain pays), Baltazard et donc on n’a pas vraiment (https://www.universalis.fr/encyclopedie/hygiene/3-l-hygiene-du-xxie-siecle/) de connaissances qu’on a dérivé à partir des épidémies historiques que ce soit la première ou la deuxième. Donc là on va revenir un petit peu au cœur de notre sujet qui est la peste de Marseille 1720-1722, une des dernières épidémies en Europe occidentale de peste c’est la dernière en France, la dernière grande épidémie de peste en France.

Voilà l’état de Marseille en 1700 donc c’est la deuxième ville du Royaume par le nombre d’habitant. (photo port de marseille)

On a eu de la chance en 1716, donc 4 ans avant la peste il y a un recensement qui a été fait on  est à 88 685 habitants. Marseille a toujours été une ville un petit peu indépendante par rapport au Royaume de France donc Louis 14, va faire construire quand même un rempart en 1700 pour étendre la ville donc vous avez le vieux quartier (panier) qui s’étendent au sud et à l’est. Vous avez ici Castellane pour vous donner un exemple et ensuite le roi va faire construire l’arsenal des galères et les canots vont être tournés vers le panier. Ils ne vont pas être tourné vers la mer pour un petit peu soumettre la ville à l’autorité royale et c’est une ville qui est extrêmement prospère. (Le panier : https://fr.wikipedia.org/wiki/Le_Panier_(Marseille)

-> carte commerce Marseille

Cette diapositive résume le mieux le commerce à Marseille, pourquoi elle est prospère justement parce qu’à  Marseille en 1669, il devient un port franc c’est-à-dire qu’il est exempté de droit de douane et il obtient le monopole, cela c’est très important du commerce avec le Levant, qui correspond au Moyen-Orient et la Barbarie ici qui correspond au Maghreb. Et à partir de ces endroits-là on importe des marchandises extrêmement précieuses de la soie, de l’ambre, des épices et donc Marseille en Méditerranée à le monopole de commerce-là et c’est le plus grand port en terme de tonnage au monde à cette époque-là (tonnage : Capacité de transport d’un navire de commerce, évaluée par son volume intérieur exprimé en tonneaux de jauge).

Donc évidemment Marseille étant un port il y a une longue coexistence avec les maladies infectieuses. Donc là je vous ai mis une liste un petit peu de toutes les épidémies que Marseille a connu. La première -49 c’est Jules César qui la décrit dans la Guerre des Gaules. C’est une épidémie de peste vous avez entre parenthèse le nombre de mort alors il faut bien savoir que ce que l’on appelle à l’époque peste, c’est un épisode de surmortalité. On ne sait pas si c’est dû à la bactérie Yersinia Pestis. Donc on a énormément d’épidémie de peste jusqu’à la grande épidémie qui va faire 120 000 morts 1720 1722 ensuite on arrive au 19ème siècle le grand siècle de la fièvre jaune de la variole, du typhus, de la rougeole, de la fièvre typhoïde de la diphtérie et la grippe jusqu’au covid 234 morts et la grippe jusqu’au COVID, 234 morts données d’octobre non mises à jour, mais on en était là en Octobre.
Et donc comment on fait ? Comme Marseille c’est un port, comment on fait pour se prémunir des contagions ? On appelle cela les contagions, donc tout d’abord on installe la règle de la quarantaine donc c’est instauré en 1377 à Dubrovnik en Croatie, la côte de Dalmatie était tout le temps sujette à des épidémies de peste donc la quarantaine cela s’effectue dans un lieu qu’on appelle le Lazaret. C’est le lieu où on isole les marchandises et les passagers, suspecté de peste. Donc pour les marchandises par exemple on va aller purger à l’air libre à l’époque c’est les théories aéristes, on pense que l’air purifie des maladies. Et donc on va aussi faire des flumigations c’est-à-dire qu’on va brûler du souffre, de l’encens. Et on va exposer ces marchandises ou alors on va les mettre dans l’eau pendant 48 heures. Donc si vous voulez si votre navire arrive infecté ou on pense qu’il est infecté par la peste, vous allez perdre vos marchandises parce qu’on va vraiment les abîmer en faisant cela. Ensuite le navire on l’isole et on les décontamine pareil avec des flumigations. Les passagers sont isolés pendant 40 jours ensemble sans soin, donc si il y en a qui a la peste et pas les autres, les autres vont l’avoir aussi. C’est un objectif social assumé, on sacrifie un petit nombre d’individus pour protéger la quasi-totalité de la population. Pourquoi 40 jours, la quarantaine ? Il y a plusieurs explications. Peut-être Hyppocrate qui dit que c’est le nombre de jours ou on peut voir la différence entre une maladie aigüe et une maladie chronique. Cela peut venir de la Bible car 40 jours c’est le temps du carême. Le temps de la purification symbolique.  Pu de Pythagore qui est un chiffre extrêmement important dans les mathématiques pythagoriennes, on ne sait pas trop. Et ensuite il y a une autre institution qui est développée en parallèle, c’est celle de l’hôpital Lazaret, c’est un hôpital isolé, permanent. Ce n’est plus un lieu où on isole les gens sans soins. Cela va être un hôpital. C’est instauré en 1423 sur l’ile de Santa Maria di Nazareth d’où le nom, c’est déformation : Nazareth, Lazaret (https://www.larousse.fr/dictionnaires/francais/lazaret/46504).

-> image nazareth/lazaret.

C’est à Venise qui a connu énormément d’épidémie de peste et cela permet en gros d’institutionnaliser la quarantaine. Donc on peut faire cette quarantaine-là car c’est bien entouré. Et en gros au 19ème, ce Lazaret va se transformer  et ce ne va plus être un lieu où on puni, et on isole les gens comme la quarantaine mais un lieu où on les soigne, un lieu dédié à l’étude scientifique et on gère les maladies infectieuses. C’est le cas de l’hôpital Catherine à Marseille. Ce sera cela. Donc à quoi cela ressemble le système de quarantaine à Marseille à la veille de l’épidémie de 1720. Donc le Lazaret il est implanté depuis 1663 près de L’anse Darenque, c’est ici vous le voyez donc il n’est pas vraiment sur une île mais il est en dehors des remparts de la ville mais il est quand même un petit proche. Donc on assure la quarantaine des personnes et des marchandises. On a ce système-là, vous l’avez tous vu sur le vieux port. Ce bâtiment historique qui était celui des intendants de la santé. On appelait cela la consigne, ça a été construit en 1719 juste avant la peste de Marseille. Donc les intendants étaient ici et quand un navire arrivait, il arrivait sur l’île de Pômegues, une des îles du frioul (L’archipel reste propriété de la Défense nationale et interdit au public jusqu’en 1975, année où le maire Gaston Defferre obtient de la Défense l’autorisation de transformer la rade militaire déclassée en port de plaisance, bordé d’un noyau urbain de 450 logements, quelques commerces et d’une caserne de pompiers. Un service de navettes maritimes est créé à cette occasion, pour permettre à ces habitants de vivre. Le reste des îles a été cédé à la commune de Marseille par le ministère de la défense à partir de 1995. Lors de la peste de Marseille au xviiie siècle, l’île Ratonneau avait servi de lieu de quarantaine.

Pour l’accueil des réfugiés arméniens, dans les années 1920, les autorités installent un centre de tri sanitaire sur les îles : https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%8Eles_du_Frioul )

Et les intendants allaient en chaloupe voir le bateau et ils décidaient si les marchandises et les passagers devaient subir une quarantaine et ils décidaient le temps de la quarantaine. Une quarantaine pouvait durer plus longtemps que 40 jours elle pouvait durer jusqu’à 90 jours. Et si on décidait qu’il y avait une quarantaine, et bien on amenait les passagers et les marchandises ici dans le Lazaret.

Et ensuite si la peste était avérée à bord on prenait le navire, on l’amenait à l’île de jarre au goude. (-> photo ile de jarre) et on le brûlait et le navire coulait par le fond. C’est ce qui arrivait au Grand Saint-Antoine, on a retrouvé l’encre d’ailleurs. Et donc le système est assez efficace puisqu’entre 1700 et 1720, la peste va se déclarer 16 fois aux infirmeries, donc les infirmeries c’est le Lazaret, c’est la même chose et elles ne vont jamais s’étendre au-delà. Donc ce système il est assez efficace évidemment comme tous les systèmes s’il est respecté.

Qu’est-ce qu’il se passe en 1720 ?
Il y a un problème une faille dans le système, donc à cette époque-là, la dernière épidémie de peste remonte à 1649, 1650. Donc les médecins ne savent quasiment plus reconnaître la peste. Cela fait un moment qu’on pense qu’on est débarrassé de la peste, que c’est une maladie du Moyen-âge et qu’elle ne reviendra pas. Le 25 mai 1720, le navire le « Grand Saint-Antoine » arrive des échelles du Levant, vous vous rappelez du Moyen-Orient notamment du Liban, il arrive avec la peste à son bord, il a 9 morts pendant la traversée, il aura une patente brute, donc la patente c’est un document administratif que va remettre les autorités du port. Si vous avez une patente  une patente brute cela veut dire qu’une maladie est avérée à bord. Si vous avez une patente soupçonnée cela veut dire qu’on soupçonne une maladie à bord et si vous avez une patente nette, on ne soupçonne rien, et c’est en fonction de ces patentes que les intendants de santé vont décider d’imposer une quarantaine ou non. Donc le navire arrive avec une patente brute.

Sa cargaison est estimée à 300  000 livres c’est plusieurs millions d’euros pour l’époque. Malheureusement, elle va appartenir à 3 échevins de la ville. Donc le navire arrive à Pomêgues comme il doit le faire. Les marchandises et les passagers sont envoyés au Lazaret parce qu’on a une patente brute. Donc on soupçonne quelque chose. On ne laisse pas les marchandises à l’air libre à Pomêgues, on veut tout de suite les mettre au Lazaret parce qu’elles sont extrêmement précieuses, évidemment. On ne veut pas es abîmer. Il va y avoir huit morts au Lazaret de fièvre maligne, cela veut dire que ce n’est pas la peste, c’est juste une fièvre amenée des pays étrangers, ne vous inquiétez pas ce n’est pas grave. Parmi ceux qui vont mourir ce sera les matelots, les portefaix, les gardes. Les portefaix c’est ceux qui vont retourner les marchandises, les toucher pour le purifier à l’air libre, les déballer, les remballer donc c’est en touchant cela qui vont se contaminer et au bout de neuf jours, on fait sortir les passagers qui sont au Lazaret au lieu de 40. On n’impose pas une quarantaine, ils sortent et ils peuvent aller en ville. Evidemment, le 20 juin, on a le premier cas dans le quartier des fripiers c’est le quartier pauvre, c’est le quartier du palier donc on pense que les passagers en sortant on pris quand même deux trois étoffes parce que cela coûtait cher et il y a une grosse suspicion de contrebande de marchandise.

Donc là vous avez une image de Saint-Antoine brûlé après cela. Donc voilà, évidemment, la peste se répand dans la ville de Marseille vous avez ici une vue de la Mairie, vous la reconnaissez c’est Michel Serres qui a peint ce tableau. Michel Serres était un contemporain, il a vu la peste. On pense qu’il l’a attrapé, il en a survécu donc il a peint ce qu’il a vu après il a peint aussi des choses qu’on appelle de la grammaire picturale par exemple cet enfant mort qui tête le sein de sa mère, c’est une image, une grammaire picturale, qui veut dire que le peintre est en train de peindre un épisode épidémique. Mais sinon c’est assez réaliste, donc il y a des morts partout, il faut les débarrasser. Ici pareil le Cour Belsunce (https://fr.wikipedia.org/wiki/Cours_Belsunce) , il y a des morts partout, c’est une catastrophe et cette peste va faire en gros dans toute la Provence parce qu’elle va s’étendre évidemment au-delà de Marseille, elle va aller même jusqu’au Cévennes, elle va faire plus de  120 000 morts, on va même construire un mur. Le fameux mur de la peste si vous faites des randonnées vous pouvez le voir, on va enfermer la Provence pour ne pas que la peste s’étende au-delà. Et donc il y avait des gardes, des dragons qui surveillaient que personne ne rentre ou personne ne sort.

Donc évidemment cette peste-là elle est documentée par paléomicrobiologie c’est les travaux pionniers fait dans ce laboratoire en 1998 donc on sait qu’elle est dûe à Yersinia pestis mais il y a une grande question c’est : quelles étaient les sources et les vecteurs de cette peste-là ? Alors il faut bien savoir que les pestes de la seconde pandémie donc de 1346 au 18ème 19ème siècle n’ont rien à voir avec celle de la troisième pandémie, celle que Yersin par exemple à étudié. Elles sont beaucoup plus violentes, massives, on peut avoir plus de 90% de mortalité dans ces pestes-là et les sources et les vecteurs restent spéculatifs, infondés ou dérivés de modèles mathématiques.

Il y a plusieurs hypothèses, la plus évidente, celle qu’on connaît tous c’est celle des rats et des puces donc c’est quelque chose qui est dérivé des travaux de Simond en 1898 à Karachi. Alors c’était vrai en 1898, en Inde. Est-ce que ça l’était pendant la seconde pandémie en Europe, on ne sait pas.

Ensuite il pourrait y avoir le modèle qui pourrait expliquer une grande mortalité, celle d’épidémie majoritairement pulmonaire. Ca ce sont des choses qui sont dérivés de l’épidémie de Mandchourie 1910-1911 dont on pense qu’elle a été principalement pulmonaire même si il n’y a pas beaucoup de confirmations microbiologiques ou alors l’hypothèse des ectoparasites humains dérivés principalement d’un modèle mathématique fait par Deane et publié dans le journal PNS.

Donc nous le but ici c’était de revenir aux sources historiques, aux textes historiques car il n’y a qu’ave les textes historiques qu’on peut avoir une idée de ces vecteurs ce n’est pas en faisant des génômes de peste qu’on va pouvoir élucider cette question.

Donc on a voulu revenir aux textes historiques, faire une analyse naïve et non biaisé des textes anciens avec un logiciel vous allez le voir.

Donc ce que l’on a fait c’est que l’on a pris 16 textes de la peste de Marseille dont on sait qu’elle est dûe à Yersinia Pestis 1720-1722, 16 textes sur la peste de 1000 ans. Celle-ci n’est pas encore confirmée comme étant dûe à la bactérie Yersinia Pestis : 1629-1631. On inclue des contrôle négatif, c’est à ma connaissance la première fois que l’on incluse des contrôles négatifs dans une analyse historique. En fait on a voulu faire exactement comme une analyse biologique. Vous allez le voir c’est un petit peu le même workflow.

On voulait avoir le même vocabulaire, et évidemment ce texte parle de tout sauf de la peste.

Et ensuite on réalise l’analyse avec le logiciel R en utilisant le package DeSeq2 qui a la base c’est un outils d’analyse de l’expression différentielle des transcriptomes (ensemble des ARN issus de la transcription du génome) et on s’est dit donc y’a l’ADN c’est les séquences de l’être, les mots aussi donc cela devrait marcher et vous allez voir cela va marcher. Vous avez ici un petit peu le workflow.

Donc on  a pris nos textes qui étaient numérisés par Google Books. Nous les avons importé dans le logiciel R, nous avons nettoyé les mots, enlevé les accents, on les a réparé c’est-à-dire qu’on a pris des dictionnaires du 18ème siècle et seuls les mots qui matchaient avec ce dictionnaire ont été gardés comme cela les mots mal transcris on a pu les supprimer.

Ensuite on fait notre analyse, notre analyse nous donne tous les mots qui sont enrichis dans nos textes de peste par rapport au texte contrôle et ce sont ces mots qui nous intéressent car cela veut dire qu’ils sont significatifs.

Ensuite on fait une représentation worldcloud, la taille des mots va dépendre d’un P adjust parce qu’on va attribuer à chaque mot un P adjust comme en biologie, de 0.05, la même.

On fait Nested analysis, c’est on va essayer de remettre les mots dans un contexte lexical vous allez le voir plus tard, on catégorise ces mots on fait des représentations en réseau et on les compare. Donc on les traduit on anglais pour les comparer, pour voir s’il y a un langage commun quand on parle d’une épidémie de peste.

Donc la première chose à faire  était déjà de vérifier si nos textes étaient suffisamment indépendants les uns des autres pour qu’ils puissent être considérés comme des échantillons à part entière donc je parle exprès d’échantillon pour des textes comme en biologie. Donc pour cela on fait un indice de similarité de Jaccard et vous voyez nos textes qui se ressemble le plus sur un maximum de 1 était à 0.08 donc ils étaient assez indépendant car à l’époque on pouvait reprendre de grande partie. On ne parlait pas de plagiat mais on reprenait des grandes parties des textes de confrères parce que tous ces textes-là sont écrit par des médecins pour la peste de Marseille.

Je vais vous présenter les résultats seulement pour la peste de Marseille de 1720, et donc il y a beaucoup de médecins qui citent d’autres médecins donc on voulait être sûr que ce soit assez indépendant donc cela l’était.

Ensuite là vous avez un petit peu, une idée du traitement de données qu’on a fait. Alors il faut surtout regarde une ligne (montre ligne à l’écran). Donc au total au début on avait plus de 2 millions de mots, ensuite quand on les a filtré c’est-à-dire qu’on a regardé que les mots qui matchaient avec des mots du dictionnaire on s’est retrouvé à 1.6 millions et ensuite enfin on a utilisé un cutoff c’est-à-dire que les mots qui étaient présents moins de 5 fois on les a supprimé car cela n’avait aucune puissance statistique car c’est une méthode quantitative donc cela n’avait aucun intérêt. Et au final on se retrouve avec 10 315 mots uniques qu’on a pu analyser.

Et donc on fait notre worldclouds donc on détermine nos cutoff donc on voulait des mots dans nos textes de peste avec un log2foldchange supérieur à zéro c’est-à-dire qu’ils sont enrichis par rapport au contrôle négatif et on voulait qu’ils aient une P adjust inférieur ou égal à 0.05. Donc cela nous donne 72 mots vous les voyez ici qui sont significatifs. 

Donc il y a beaucoup de mots, par exemple tout de suite au premier coup d’œil ils sont associés au traitement ou à la prévention de la peste : docteur, vinaigre, infirmerie, précaution, police, quarantaine. On a beaucoup de ces mots-là et ensuite on avait deux mots qui nous ont beaucoup intéressé qui étaient nos contrôles internes qui étaient le charbon et le bubon.

Donc le charbon et le bubon c’est un petit peu le couple pathognomonique (on dit d’un signe clinique ou symptôme qu’il est pathognomonique lorsqu’il caractérise spécifiquement une maladie unique et permet donc, à lui seul, d’en établir le diagnostic certain lorsqu’il est présent. Cependant, pathognomonique ne veut pas dire systématique : l’absence d’un signe pathognomonique n’exclut pas la maladie.) Ils sont inséparables et on a longtemps cherché ce que pouvait être le charbon car c’est quelque chose qui n’est absolument plus décrit au 20ème siècle. Le charbon je crois que le dernier qui en parle je crois que c’est Paul-Louis Simond je vous ai mis un exemple donc il dit « On ne rencontre jamais chez les animaux atteints de peste, de lésions de la peau qu’on puisse soupçonner de marquer le  point de pénétration du microbe. Il n’en est pas de même chez l’homme. Les pestiférés présentent une  phlyctène… dans une partie des cas, la région où elle siège devient oedémateuse… la phlyctène se rompt, laissant à découvert une base enflammée en voie de nécrose … (qui) s’étend en largeur et en profondeur. (Il ne dit jamais plus qu’une pièce de 5francs. On a alors le charbon pesteux. Invariablement la phlyctène s’accompagne de bubon ; et le bubon correspond toujours au siège de la phlyctène. »

Phlyctène = soulèvement de la peau à un endroit précis à cause d’une accumulation de liquide séreux, semblable à une sorte de grosse ampoule. Les causes peuvent être nombreuses.


Charbon = voie d’entrée cutanée (piqûre d’ectoparasite)

Bubon = ganglion lymphatique le plus proche

Donc cela était extrêmement intéressant pour nous car cela nous montre que le charbon est la voie d’entrée du microbe. Donc vous avez ici un exemple d’enfants avec des charbons. Donc vous pouvez être sûr que si le charbon est là (main), si on en croit Simond, le bubon sera à l’aisselle et si le charbon est ici (front) alors bubon sur le cou. Donc ce sont des choses qui ne vont jamais l’un sans l’autre. Et donc le charbon voie d’entrée comme je vous l’ai dit, cela suggérera évidemment une piqûre d’ectoparasite même si cela peut-être dans de plus rare cas une voie d’entrée transcutanée et le bubon c’est le ganglion lymphatique qui va être le plus proche et quand vous faites des autopsies c’est aussi rapporter pour 1720, vous avez énormément de nécrose à l’intérieur du corps, ce ne sont pas forcément des charbons mais c’est aussi intéressant.

Donc en gros on retrouve si on revient au nuage de mots, nos deux symptômes qui étaient un peu nos contrôles négatifs : bubon et charbon qui se dit en anglais carbuncle qui veut dire pustule.

A la base comme le dit Simond c’est une pustule et ensuite elle nécrose (https://www.larousse.fr/dictionnaires/francais/n%C3%A9crose/54032)


Donc ensuite on avait des mots isolés dans un world cloud comme cela et on a voulu les remettre dans un contexte lexical, pour créer un réseau de mots donc on a crée ce que l’on appelle une analyse nichée donc c’est très simple, vous allez le voir on prend le mot d’intérêt par exemple « bubon », je veux savoir dans quel contexte lexical se trouve Bubon et je demande au logiciel de regarder 15 mois avant, bubon et 15 mois après de me dire de la même manière : « quelles sont les mots significatifs autour de bubon ».

Donc toutes les phrases où bubon se trouve. Et vous voyez cela marche très bien.


Donc là on a tous les mots autour de Bubon, c’est en français donc on a les localisations : aisne, cuisse, aisselle, parotide.


Parotide, cela veut dire à l’époque, car la sémiologie est différente, la parotide c’est un bubon autour de l’oreille.


Le bubon à l’aisselle va s’appeler tumeur et ce qu’ils vont appeler bubon c’est uniquement celui qui est à l’aisne et donc on a ces mots-là et on a aussi charbon qui se trouve associés avec bubon. Plus le mot est gros plus il est associé.

Pour marchandise cela marche aussi très bien, on a l’histoire de l’arrivée de la peste à Marseille avec le grand Saint-Antoine.

On a un vaisseau qui vient du Levant avec des marchandises infectées qui doivent faire une quarantaine, qui arrive au Lazaret, on les transporte dans les infirmeries, on a toute cette histoire donc cela marche très très bien.

Et là on a utilisé une P adjust de 0.0.0.001 (log10) donc on est encore plus stringent (rigoureux) sur ces mots-là.

Et j’aimerais juste faire une petite parenthèse sur ce mot-là lancette :

(photo mots-clés).

Donc c’est un bistouri. Et on a longtemps pensé qu’avant l’arrivée des antibiotiques, tous les traitements qu’on utilisait pour la peste étaient inefficaces et ils ne servaient à rien et c’était un petit peu l’image des médecins de Molière qui faisait plus de mal que de bien et en analysant les textes on s’est rendu compte qu’il y avait un traitement, vous le voyez ici, vous avez une image sur cette fresque de ce traitement-là qui était, fin un traitement, une prise en charge médicale, qui était de ramollir d’abord le bubon, de l’inciser, de le vider ensuite on retirer les ganglions lymphatiques nécrosés à l’intérieur on nettoyait la plaie et en fait ce geste-là semble relativement efficace et semble sauver un grand nombre de patients donc là on est en train de regarder, de quantifier cela, de voir si vraiment il y avait une efficacité ou pas mais en tout cas c’est extrêmement intéressant parce que la plupart des médecins disent qu’après avoir essayé un grand nombre de traitement, les saignées, etc, c’est cela qu’il faut faire. Et c’est cela qui marche le plus.

Et on le voit dans notre analyse nichée (les mots-clés), c’est vraiment associé à bubon et bien c’est la lancette, c’est cela qu’on suit quand il y a un bubon.

Ensuite et bien on peut créer nos réseaux de mots. Vous l’avez vu, donc là par exemple  c’est, on a pris nos sources de peste et on voit que marchandise, meuble, air sont liés à infecté, fatal, communication, contagion, donc cela marche aussi.

Ensuite le principe a été de remettre ces mots-là dans des catégories, de les classer donc le principe est de revenir le plus tard possible au texte, on essaye de faire quelque chose de non-biaisé, donc c’est d’abord l’ordinateur et les statistiques qui nous disent c’est ces mots-là qui sont intéressants, qui sont importants. Après nous on les lit, on les remet dans le contexte lexical avec cette nested analysis (analyse imbriquée ; une variable de mesure et plusieurs variables nominales et que les variables nominales sont imbriquées (forment des sous-groupes dans des groupes). Il teste s’il existe une variation significative des moyennes entre les groupes, entre les sous-groupes au sein des groupes, etc.) et ensuite on revient au texte pour les remettre dans des catégories donc les catégories les plus représentées sont les conséquences de la peste, des mots liés à la conséquence de la peste, à la réponse publique de la peste. Par exemple l’hôpital, la police. Ce sont des choses qui étaient là avant en prévention mais après la peste a pris une telle ampleur qu’on a dû construire de nouveaux hôpitaux appeler de nouveaux docteurs. 


Mettre des forces de police pour faire justement respecter un confinement aux gens et ensuite des mots liés à la nature de la peste. Donc nous évidemment ce qui nous a intéressé, le plus vous vous en doutez ce sont les mots liés aux sources de la peste.

Donc on a regardé ces mots-là, on a regardé combien de fois ils étaient utilisés dans le texte et combien de fois ils étaient utilisés comme une source de peste.

(-> mot source de peste, image)

Et on a quantifié cela et pour la peste de Marseille vous voyez c’est : marchandise, tatters, donc les hardes, movable ce sont les biens meublés, les choses que l’on peut transporter. Les habits, le mot air n’est pas une source de peste, on l’a pensé mais en fait il est utilisé deux deux manières différentes soit comme une source de peste : l’air impur, les miasmes, soit comme une source de purification : on expose les marchandises à l’air, donc il a  vraiment deux sens opposés mais la plupart du temps utilisé comme une source e purification. La viande, pareille, quelque fois utilisée comme une source de peste mais en réalité elle est plus de fois utilisée comme une source de traitement c’est-à-dire que les pestiférés on va leur donner des bouillons fait à partir de viandes et les chiens sont utilisés quelque fois comme une source de peste. On sait que les chiens sont très résistants à la peste mais en fait ce qu’il se passait pendant la peste de Marseille c’est qu’il transportait les hardes d’un point A à un point B et donc ils étaient accusés de transporter la peste à tel point qu’à un moment on va décider d’abattre tous les chiens à Marseille en 1720. Parce qu’on considère qu’ils sont dangereux mais ce ne sont pas vraiment eux qui ont la peste c’est ce qu’ils transportent et pour Milan, c’est un petit peu la même chose donc on a stuff ce mot s’est érodé, c’est un petit peu compliqué à traduire, on a fait cela avec Ricardo. Donc pareil ce sont les biens meubles que l’on peut transporter.

Feather ce sont les plumes, mais ce qui est intéressant c’est que ce sont les plumes, des oreillers et des matelas donc ce sont les choses de literies, les habits pareil et les draps de lits et air, avec ce sens un petit peu opposé une fois pour purifier, une fois pour ne pas purifier. Donc on voit que toutes les sources, pendant les deux épidémies de la seconde pandémie que ce soit Marseille ou Milan c’est lié aux habits, aux marchandises, à la literie, au tissu.

Et on a un résultat dont on n’a pas parlé mais qui est extrêmement intéressant c’est un résultat négatif c’est qu’on a une absence totale des rats et des puces. Jamais les mots rats et puces ne sont associés à des sources de peste, ni à Milan, ni à Marseille.

Donc après on s’est demandé quel pouvait être un petit peu les explications biologiques du fait que quand on touche des hardes (cordes), quand on touche des tissus, quand on touche des marchandises, on attrape la peste. Et bien si on en croit Charles Nicolle qui a eu le prix Nobel de médecine pour avoir découvert le rôle du poux dans la vectorisation du tiphus, justement, ce sont ces ectoparasites-là notamment le poux, qui sont présents dans ces tissus-là et leur fecès aussi et en fait être en contact avec les vêtements c’est être en contact avec les ectoparasites humains et donc c’est comme cela que la peste se transmet. Charles Nicolle le dit, il dit quand les gens arrivent avec le typhus, quand on leur enlève leur habit on les lave, il n’y a plus de transmission du typhus. Si ils gardent leurs habits il y a une transmission du typhus via justement cet échange d’habit donc on pense que c’est un petit peu la même chose, donc ce résultat confirme celui de Deane où il avait fait cela avec un modèle mathématique donc sur 9 épidémies de la seconde pandémie en regardant quels pouvaient être les vecteurs qui allaient le plus avec ces courbes épidémiques donc soit les ectoparasites humains, soit les pestes pulmonaires, ou soit les rats et les puces et bien évidemment ce sont les ectoparasites humains qui feat le plus. Lui le montre avec un modèle mathématique nous on le montre avec une étude historique et donc effectivement nos résultats semblent indiquer une transmission essentiellement opérée par les ectoparasites humains. Il peut y avoir des cas minoritaires faits par des puces de rats  ou des cas minoritaires de peste pulmonaire mais la plupart des cas, 70/80% étaient opérés par les ectoparasites humains.

Donc on a quand même voulu voir quelle était la forme majoritaire de peste pendant la peste de Marseille en 1720 même si on a le mot bubon et charbon qui nous indique que la forme majoritaire est quand même une forme bubonique, on a voulu quantifier.

Donc pour cela on a analysé tous les cas qu’on pouvait identifier dans les 16 textes de peste donc on a pu identifier 196 cas de peste décrits par des médecins de l’époque.

(photo cas de peste)

Donc en tout, il y avait 171 symptômes différents, on a pu classer donc c’est extrêmement large donc c’est pour cela que la peste est parfois difficile à reconnaître car il y a beaucoup beaucoup de symptômes. On a pu déterminer qu’il y avait 55 charbons et 147 bubons.

Donc vous avez en haut à gauche une distribution par sexe, donc on voit que c’est assez homogène : 95 hommes, 81 femmes, 20 indéterminés. Puis en haut au milieu, vous avez une distribution des cas par âge donc cette distribution elle suit la pyramide des âges à l’époque où il y a une grande mortalité en fait des enfants et des personnes âgées et on a plus de personnes jeunes donc en fait elle suit absolument la courbe de la population et on peut voir que la peste touche tout le monde : homme, femme, jeunes, vieux. Il n’y a pas vraiment de différences. Ensuite la mortalité, on a pu savoir le diagnostic  donc parfois on a eu 99 personnes qui sont décédées, 51 qui s’en sont remis, 46 inconnus donc on a une mortalité qui est à peu près de 50% alors que selon l’OMS sans traitement, la mortalité est aux alentours de 60/80% c’est pour cela qu’on pense qu’il y a peut-être des gestes médicaux ou la prise en charge de patients qui pouvaient être efficaces à cette époque-là. Don là on est en train de quantifier cela : combien de ces personnes qui s’en sont sorties, on eu une incision de bubon ou d’autres choses comparé à celles qui ne s’en sont pas sorties.

Et donc on a pu faire un schéma : il y a quelque symptôme vous le voyez qu’on peut associer à des formes caractéristiques de peste donc par exemple à des formes pulmonaires comme les expectorations sanguines, la toux, la difficulté à respirer, les douleurs dans la poitrine, des symptômes qu’on peut associer à des formes septicémique : gangrène 3% ; et des symptômes qu’on peut associer à des formes pharyngées de peste donc un gonflement des amygdales mais on voit que majoritairement, 70% ont est pour la peste de Marseille, sur une peste bubonique.

Vous avez à droite la répartition des bubons et des charbons donc il y a beaucoup de colocalisations, forcément, et la plupart des bubons se situent à l’aisne. Il y a en a quelques uns, dix pour cent qu’on appelait les parotides, qui se situent au cou : 15% à l’aisselle et donc on sait que si la transmission pouvait être opérée par des ectoparasites de rats, par exemple les puces piquent essentiellement ici (creux du coude). Et vous voyez ici on a que 17% de charbon et la plupart des lésions qu’on a, que ce soit charbonneuses ou des bubons on se situe sur la partie supérieur du corps ce qui suggère aussi de piqûres par des ectoparasites humains c’est-à-dire les puces de l’homme ou les poux de corps qui dans les habits qui sont en générale en haut(creux aisselle) ou vers les sous-vêtements, les sous-vêtements à l’époque allaient jusqu’au genoux. Donc cela correspond bien avec la localisation des piqûres et donc on a bien affaire à des formes majoritaires buboniques ce qui peut laisser penser que la transmission à cette époque-là étaient majoritairement opérée par les ectoparasites humains.

Pour conclure :

On a pu créer une méthode historique de lecture non baisée reproductible. On peut le faire sur toutes les langues, on l’a fait en italien, on l’a fait en français on peut le faire en latin aussi. On a utilisé pour la première fois des contrôles négatifs ce qui permet de minimiser les erreurs. C’est une méthode évidemment quantitative elle est basée sur le nombre et la répétition de mots statistique donc les puces et les rats on voit que c’est probablement pas les vecteurs de ces pestes-là. C’est deux pestes emblématiques de la seconde pandémie. La literie, les habits, les marchandises constituent les sources probables de ces pestes de Milan et de Marseille ce qui suggère un possible rôle des ectoparasites humains. Et les formes majoritaires sont buboniques et il y a quelque chose e très intéressant en terme de sémiologie c’est que ce charbon pesteux justement qui est invariablement associé à un bubon n’est plus décrit à partir du 20ème siècle. Le dernier qui décrit cela c’est Simond et ensuite les questions : est-ce qu’il y en a plus ? Est-ce qu’on les décrit plus ? Est-ce qu’on change de vecteurs ? On ne sait pas trop mais ce n’est plus du tout décrit.

Et je vous remercie pour votre attention. »

Sources :
* https://www.msdmanuals.com/fr/accueil/infections/infections-bact%C3%A9riennes-bact%C3%A9ries-gram-n%C3%A9gatives/pr%C3%A9sentation-des-bact%C3%A9ries-gram-n%C3%A9gatives

**Bacilles Gram négatif retrouvés partout dans le sol, dans l’eau, et surtout dans l’intestin de l’homme et des animaux. Ils constituent l’une des plus importantes familles de bactéries.

*** adaptation d’un programme informatique en vue de son traitement sur un ordinateur vectoriel. Vectoriel = qui a rapport aux vecteurs, aux espaces vectoriels.

****maladie infectieuse atteignant les animaux, et qui peut-être transmise à l’homme (peste,rage, etc.).

(5) Un plasmide est une molécule d’ADN circulaire naturelle ou modifiée artificiellement dans le but de l’utiliser en recherche biologique. Un plasmide est une molécule d’ADN circulaire double brin qui possède obligatoirement une origine de réplication, afin qu’il puisse se répliquer de manière autonome dans la cellule et un gène de sélection pour qu’il ne soit pas perdu dans l’organisme au fil des multiplications cellulaires.

(6) ectoparasite = parasite sous-cutané ou vivant sur la peau occasionnellement ou en permanence et se nourrissant de sang ou de suc tissulaire.

(7)transcutané = se dit d’un médicament qui agit en traversant la peau.

(8) bactérie en forme de batônnet.

(9) La paléomicrobiologie appartient à la fois à la microbiologie, à la paléopathologie, et à l’archéologie.Elle réalise le diagnostic microbiologique des maladies infectieuses anciennes pour mettre en évidence des microorganismes pathogènes dans des échantillons humains ou environnementaux anciens.

Auteur :
Marianne Solat
Journaliste, spécialiste en histoire.
Publié le 9 décembre 2020

Publié par magrenobloise

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