Épidémie de SARS-COV2 : Où en est la France ?

OPINION. Alors que la vaccination débute, le déluge d’informations, d’interrogations, de fausses nouvelles, de déclarations de spécialistes de tous bords, n’a cessé de brouiller le raisonnement et la compréhension des gens. Il m’a semblé important, un an après l’arrivée du virus, de faire un point simple et objectif de la situation en France.

Épidémie de SARS-COV2 : Où en est la France ?

Le SARS-Cov-2, tel qu’il nous est parvenu il y a un an, est un virus à ARN qui existe à l’état naturel chez certaines chauves-souris. Sa transmission à l’être humain a probablement été permise grâce à un hôte intermédiaire, tel que le pangolin, ou plus certainement le vison.

C’est grâce à une spicule (spike protein), sorte de clé qui permet d’ouvrir une serrure unique (le récepteur ACE2), qu’il se fixe à la surface de certaines cellules du corps humain, puis pénètre à l’intérieur. C’est sur cette spicule que les vaccins sont supposés agir, en faisant produire par notre propre système immunitaire des anticorps capables de neutraliser cette protéine spike et empêcher par là-même la fixation du virus.

Chacune des modifications apparaissant au niveau du virus donne naissance à ce que l’on nomme un variant, et lorsque cette modification porte sur la protéine spike, elle est susceptible de modifier le degré de contagiosité, mais aussi le degré de virulence du virus : c’est ce qui se passe avec ces fameux variants « anglais » et « sud-africain ».

Pour l’instant, le variant britannique est celui qui est le mieux étudié, eu égard au nombre très important de laboratoires de séquençage dont dispose la Grande Bretagne. Selon les études, sa contagiosité est de 50 à 70% plus importante que celle du variant présent en France. Par contre sa virulence est à peu près la même. Cela signifie que même si les formes de la maladie ne sont pas plus graves, le nombre de personnes contaminées risque d’être considérablement plus important (touchant possiblement des populations plus jeunes, sans études claires pour l’instant) et par voie de conséquence, une augmentation du nombre de malades, d’entrées en hospitalisation et en réanimation.

Pour ce qui est du variant sud-africain, les séquençages sont beaucoup moins nombreux : il semblerait pourtant que sa contagiosité soit également plus importante que celle du variant français et que sa virulence soit, elle, plus grande ; cependant, aucune étude véritable n’a encore été publiée sur ces deux points.

Qu’avons-nous à craindre de ces variants ? Pour l’instant, ils ne représentent à eux deux qu’une infime partie (moins de 2%) des virus circulant en France. Néanmoins, la rapidité avec laquelle ils se sont propagés en Grande Bretagne et en Afrique du Sud pour en devenir les variants dominants, fait craindre la même situation pour l’hexagone.

Trois questions se posent dès lors : peut-on simplement les diagnostiquer? Quelles mesures pour en prévenir la transmission ? Quelle efficacité des vaccinations ?

Au plan diagnostique, les tests PCR ne sont pas modifiés par ces 2 variants. Il existe même un test PCR qui permet de différencier le variant britannique des autres ; par contre, rien de tel pour le variant sud-africain.

Pour ce qui est des tests antigéniques, ils passent à côté de 30 à 40% des patients positifs au virus français ; pour les variants, comme la charge virale est plus importante, il est probable que leur sensibilité de détection soit meilleure.

Un autre moyen diagnostique est représenté par le suivi des eaux usées : on y recherche des bouts d’ARN, ce qui permet d’une part d’anticiper l’évolution des pics épidémiques, mais aussi d’en mesurer la part des différents variants.

Enfin, la dernière méthode correspond au séquençage génomique : il s’agit de la détermination de toute la séquence nucléotidique de l’ARN du virus, sorte de carte d’identité qui permet en particulier de différencier chacun des variants. Mais en la matière, la France est très en retard, classée au 51è rang en nombre de séquences rapporté au nombre de cas du pays.

Au plan de la transmission, qu’il s’agisse d’un nouveau variant ou pas, les mesures à prendre sont les mêmes. La contagiosité des virus britannique et sud-africain étant plus grande, les « mesures barrière » et notamment le lavage des mains restent fondamentales : il est d’ailleurs probable que la rapide diffusion du virus en Grande Bretagne ait été due à un moindre respect de la population vis à vis de ces gestes durant l’année écoulée.

Dernier point, et non des moindres : la vaccination. Les données sur le sujet commencent à être relativement abondantes concernant le variant britannique : près de 3,5 millions de britanniques ont bénéficié du vaccin, et celui-ci semble garder toute son efficacité face au variant du Royaume Uni, avec un taux de réinfection quasi-nul.

Concernant le variant sud-africain, les données sont moins abondantes : il semblerait que la variation portant sur la protéine spike serait de nature à affaiblir le pouvoir du vaccin, mais des études solides manquent encore pour l’affirmer.

Auteur :
Alain SUPPINI
Médecin (Abonné)
Publié le 20 janvier 2021

Publié par magrenobloise

Webmagazine

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